Если одновременно нужны py36-setuptools и py37-setuptools, можно обновлять их примерно так:
cd /usr/ports/devel/py-setuptools make FLAVOR=py36 deinstall clean make deinstall clean make FLAVOR=py36 install clean make install clean
Ссылки: https://forum.lissyara.su/freebsd-unix-dlya-nachinayuschih-f53/konflikt-versij-py-setuptools-t45507.html